Στις 29 Απριλίου 2023 πραγματοποιήθηκε έκτακτη συνεδρία της Συνόδου της Αποστολικής Ορθόδοξης Εκκλησίας.
Εξαιτίας του αιτήματος του Μητροπολίτη Βιταλίου (Κουζεβάτοφ) να αποσυρθεί από την ενεργό διακονία, η Σύνοδος κλήθηκε να εκλέξει νέο Προκαθήμενο.
Με φανερή ψηφοφορία ο Αρχιεπίσκοπος Γρηγόριος (Μίχνοφ-Βαϊτένκο) εξελέγη παμψηφεί Προκαθήμενος της Εκκλησίας.
Άρχισε ένα νέο στάδιο της εκκλησιαστικής ζωής, συνδεδεμένο με την ανάπτυξη των συνοδικών θεσμών διοίκησης, την αναθεώρηση των οργανωτικών αρχών και τη διεύρυνση των δυνατοτήτων αυτοτελούς διακονίας των εκκλησιαστικών κοινοτήτων.
Τον Δεκέμβριο του 2024 εγκρίθηκε ο Εσωτερικός Κανονισμός της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας και τον Μάιο του 2025 ο Κανονισμός για την Οριοθέτηση των Αρμοδιοτήτων της Γενικής Εκκλησιαστικής Διοίκησης και των Επισκοπικών Δομών.
Τα κείμενα αυτά κατοχύρωσαν την ξεχωριστή θέση της Ιεράς Συνόδου ως ανώτατου διαρκώς λειτουργούντος οργάνου της εκκλησιαστικής διοίκησης.
Ο Προκαθήμενος ασκεί τη διακονία του μέσα στα όρια των αρμοδιοτήτων που του έχει αναθέσει η Σύνοδος, εκπροσωπώντας την Εκκλησία και συμβάλλοντας στον συντονισμό της κοινής της ζωής.
Οι τοπικές κοινότητες και οι επισκοπές διατηρούν την αυτοτέλειά τους στα ζητήματα της δικής τους διοίκησης, μέσα στο πλαίσιο των κανόνων που ισχύουν για όλη την Εκκλησία.