Μετά την εγκαθίδρυση της σοβιετικής εξουσίας οι ορθόδοξες κοινότητες βρέθηκαν αντιμέτωπες με διωγμούς μεγάλης κλίμακας, με κλείσιμο ναών και μοναστηριών, δήμευση της εκκλησιαστικής περιουσίας, συλλήψεις και εκτελέσεις κληρικών και πιστών.
Στις νέες συνθήκες διαμορφώθηκαν μέσα στον ορθόδοξο κόσμο διαφορετικές στάσεις απέναντι στο κράτος.
Ορισμένοι εκκλησιαστικοί άνδρες προσπάθησαν να διασώσουν τη δυνατότητα της δημόσιας λατρείας με συμφωνίες με τις αρχές. Άλλοι θεωρούσαν απαράδεκτη την ανάμειξη του κρατικού μηχανισμού σε ζητήματα εκκλησιαστικής πίστης και διοίκησης.
Ιδιαίτερη βαρύτητα απέκτησαν τα γεγονότα του 1927, όταν ο Μητροπολίτης Σέργιος (Στραγκορόντσκι), που διοικούσε το Πατριαρχείο Μόσχας, δημοσίευσε διακήρυξη νομιμοφροσύνης προς τη σοβιετική εξουσία.
Το κείμενο προκάλεσε σοβαρές διαφωνίες στους εκκλησιαστικούς κύκλους.
Μέρος του κλήρου και των λαϊκών αρνήθηκε να αναγνωρίσει τη γραμμή σχέσεων με το κράτος που είχε επιλέξει η ηγεσία του Πατριαρχείου Μόσχας. Ορισμένες κοινότητες σταμάτησαν τη δημόσια λατρεία και συνέχισαν τη θρησκευτική τους ζωή παράνομα.
Οι ομάδες αυτές έμειναν στην ιστορία με το συλλογικό όνομα Αληθώς Ορθόδοξη, ή Κατακομβική, Εκκλησία.
Το κατακομβικό κίνημα δεν ήταν ενιαία, συγκεντρωτική οργάνωση. Συνένωνε διάφορες κοινότητες, πνευματικές παραδόσεις και ομάδες πιστών που αγωνίζονταν να διαφυλάξουν τη θρησκευτική τους αυτοτέλεια κάτω από την πίεση του κράτους.
Ακριβώς με αυτή την εμπειρία αντίστασης στην υποταγή της Εκκλησίας στην πολιτική εξουσία συνδέει η Αποστολική Ορθόδοξη Εκκλησία μία από τις σημαντικότερες γραμμές της πνευματικής της κληρονομιάς.
Για τους μελλοντικούς ιδρυτές της Αποστολικής Ορθόδοξης Εκκλησίας η μνήμη των διωγμών και των ανεξάρτητων ορθόδοξων κοινοτήτων έγινε θεμέλιο της πεποίθησης ότι η εκκλησιαστική ζωή πρέπει να οικοδομείται πάνω στην πίστη, στη συνοδικότητα και στην ελεύθερη επιλογή του ανθρώπου και όχι σε ένα κρατικό σύστημα καταναγκασμού.