Στο γύρισμα του 20ού προς τον 21ο αιώνα εκπρόσωποι του ανεξάρτητου ορθόδοξου κλήρου κατέληξαν στην πεποίθηση ότι χρειαζόταν μια αυτοτελής εκκλησιαστική οργάνωση, ικανή να πραγματοποιεί με συνέπεια μεταρρυθμίσεις και να αναπτύσσει τη συνοδική ζωή.
Στις 31 Ιανουαρίου 2000 δόθηκε στη Μόσχα συνέντευξη Τύπου, όπου ανακοινώθηκε η ίδρυση του κοινωνικού κινήματος «Για την Αναγέννηση της Ορθοδοξίας».
Ανάμεσα στους εμπνευστές του ήταν ο πρωτοπρεσβύτερος Γκλεμπ Γιακούνιν, ο Μητροπολίτης Στέφανος (Λινίτσκι), ο Αρχιεπίσκοπος Κυριακός (Τεμερτζίδης) και ο μετέπειτα Μητροπολίτης Βιτάλιος (Κουζεβάτοφ).
Η Ιδρυτική Διακήρυξη κήρυξε την ανάγκη επιστροφής στο αποστολικό πρότυπο εκκλησιαστικής διοίκησης.
Οι συντάκτες της τάχθηκαν υπέρ της αποκέντρωσης της εκκλησιαστικής εξουσίας, της αποκατάστασης της συνοδικότητας, της αυτοτέλειας των κοινοτήτων, της κατάργησης της υποχρεωτικής σύνδεσης της εκκλησιαστικής δικαιοδοσίας με τα κρατικά σύνορα και της υπέρβασης του υπέρμετρου διοικητικού συγκεντρωτισμού.
Ιδιαίτερη προσοχή δόθηκε στη μεταρρύθμιση της λατρευτικής ζωής.
Προτάθηκε να διευρυνθεί η χρήση των σύγχρονων εθνικών γλωσσών στη λατρεία, να γίνει το κήρυγμα υποχρεωτικό μέρος της εκκλησιαστικής σύναξης, να απλοποιηθούν ορισμένες τελετουργικές πρακτικές, να χαλαρώσουν οι υπερβολικά αυστηρές πειθαρχικές απαιτήσεις και να εξασφαλιστεί η διαφάνεια των εκκλησιαστικών οικονομικών.
Οι ιδρυτές της Εκκλησίας τόνιζαν ότι η ανανέωση δεν πρέπει να στοχεύει στην αλλαγή των δογματικών θεμελίων της ορθόδοξης πίστης, αλλά στην επιστροφή της εκκλησιαστικής ζωής στις ευαγγελικές αρχές.
Πάνω στη βάση του κινήματος συγκροτήθηκε η Ορθόδοξη Εκκλησία της Αναγέννησης.
Στις 13 Μαΐου 2000 έλαβε το όνομα «Αποστολική Ορθόδοξη Εκκλησία».
Το όνομα αυτό εξέφραζε τη θέληση των ιδρυτών της να τονίσουν τη συνέχεια με την πίστη και την πνευματική εμπειρία της αποστολικής εποχής, καθώς και την προσήλωσή τους στη συνοδική συγκρότηση.
Πρώτος Προκαθήμενος της Εκκλησίας έγινε ο Μητροπολίτης Στέφανος (Λινίτσκι).