Κατά τους πρώτους αιώνες του χριστιανισμού διαμορφώθηκαν τα θεμέλια της εκκλησιαστικής διδασκαλίας, της λατρευτικής ζωής και της κανονικής συγκρότησης.
Ιδιαίτερη σημασία είχαν οι Οικουμενικές Σύνοδοι, στις οποίες κρίθηκαν ζητήματα χριστολογίας, δογματικής διδασκαλίας, εκκλησιαστικής τάξης και σχέσεων ανάμεσα στις τοπικές κοινότητες.
Με τον καιρό αναδείχθηκαν τα μεγαλύτερα κέντρα του χριστιανικού κόσμου, γύρω από τα οποία αναπτύχθηκαν οι εκκλησιαστικές παραδόσεις της Ανατολής και της Δύσης.
Η ιστορία του χριστιανισμού γνώρισε τόσο τη στερέωση της ενότητας όσο και βαθιές διαιρέσεις. Μία από τις σημαντικότερες ήταν η σταδιακή αποξένωση του ανατολικού και του δυτικού χριστιανισμού, που κατά παράδοση συνδέεται με τα γεγονότα του 1054.
Η Αποστολική Ορθόδοξη Εκκλησία ανήκει στην ανατολική χριστιανική, ορθόδοξη παράδοση. Ομολογεί την πίστη στην Αγία Τριάδα και στη θεία και ανθρώπινη φύση του Ιησού Χριστού, μένει πιστή στην Αγία Γραφή, στην Ιερά Παράδοση και στη δογματική κληρονομιά των Οικουμενικών Συνόδων.
Παράλληλα η Εκκλησία αναγνωρίζει την πνευματική και πολιτισμική αξία της ανατολικής όσο και της δυτικής χριστιανικής κληρονομιάς, στον βαθμό που αυτή συμφωνεί με την ορθόδοξη διδασκαλία της.
Σύμφωνα με την Ομολογία Πίστεως της Αποστολικής Ορθόδοξης Εκκλησίας, η μία Εκκλησία του Χριστού φανερώνεται σε πλήθος τοπικών Εκκλησιών και κοινοτήτων, ενωμένων με την πίστη, τα Μυστήρια και την ενέργεια του Αγίου Πνεύματος.
Η αντίληψη αυτή βρίσκεται στη βάση της κατανόησής της για την εκκλησιαστική ενότητα: πρωτίστως ως ενότητας εν Χριστώ, που δεν ανάγεται στην ύπαρξη ενός μοναδικού διοικητικού κέντρου.