Η ιστορία της χριστιανικής Εκκλησίας αρχίζει τον 1ο αιώνα, με το κήρυγμα του Ιησού Χριστού, τον σταυρικό Του θάνατο και την Ανάστασή Του, καθώς και με τη μαρτυρία των αποστόλων, που έλαβαν την εντολή να κηρύξουν το Ευαγγέλιο σε όλα τα έθνη.
Η πρώτη κοινότητα των μαθητών του Χριστού συγκροτήθηκε στα Ιεροσόλυμα. Κατά το βιβλίο των Πράξεων των Αποστόλων, την ημέρα της Πεντηκοστής η κάθοδος του Αγίου Πνεύματος σήμανε την αρχή της φανερής αποστολικής διακονίας και της διάδοσης της χριστιανικής πίστης.
Κατά τους πρώτους αιώνες χριστιανικές κοινότητες γεννήθηκαν στην Ιουδαία, στη Συρία, στη Μικρά Ασία, στην Ελλάδα, στην Αίγυπτο, στη Ρώμη και σε άλλες περιοχές της Μεσογείου.
Στην κεφαλή των τοπικών κοινοτήτων διαμορφώθηκε σταδιακά η διακονία των επισκόπων, των πρεσβυτέρων και των διακόνων. Ο επίσκοπος νοούνταν πρωτίστως ως πνευματικός ποιμένας της κοινότητας, φύλακας της αποστολικής διδασκαλίας και προεστώς της ευχαριστιακής σύναξης.
Η ενότητα της Εκκλησίας εκφραζόταν με την κοινή πίστη, την τέλεση των Μυστηρίων, την αμοιβαία αναγνώριση των εκκλησιαστικών κοινοτήτων και τη συνοδική επίλυση των ζητημάτων που ανέκυπταν στη χριστιανική ζωή.
Ήδη από την πρωτοχριστιανική εποχή διαμορφώθηκε η αντίληψη της αποστολικής διαδοχής, δηλαδή της μετάδοσης της επισκοπικής διακονίας με τη χειροτονία από γενιά σε γενιά.
Για την Αποστολική Ορθόδοξη Εκκλησία η παράδοση αυτή έχει θεμελιώδη σημασία. Στην κατανόηση της εκκλησιαστικής ιστορίας η Εκκλησία στρέφεται όχι μόνο στις μεταγενέστερες μορφές ορθόδοξης οργάνωσης, αλλά πρωτίστως στην εποχή των αρχαίων χριστιανικών κοινοτήτων, όπου η ενότητα της πίστης συνδυαζόταν με την ενεργό συμμετοχή των πιστών στη ζωή της Εκκλησίας.