Ένα από τα κύρια καθήκοντα των ανεξάρτητων ορθόδοξων κοινοτήτων ήταν η διαφύλαξη και η αποκατάσταση της επισκοπικής διακονίας.
Για την ορθόδοξη παράδοση η επισκοπική χειροτονία έχει ξεχωριστή σημασία, επειδή ακριβώς μέσω της χειροτονίας μεταδίδεται κατά διαδοχή η αρχιποιμαντική διακονία.
Τη δεκαετία του 1990 εκπρόσωποι του ρωσικού κινήματος των Αληθώς Ορθοδόξων συνδέθηκαν με ιεράρχες της Αυτοκέφαλης Ορθόδοξης Εκκλησίας της Ουκρανίας.
Στις 17 Δεκεμβρίου 1996 στο Τερνόπιλ, με την ευλογία του Πατριάρχη Δημητρίου (Γιάρεμα), οι Επίσκοποι Μεθόδιος (Κουντριακόφ) και Ιωάννης (Μοντζαλέφσκι) χειροτόνησαν τον αρχιμανδρίτη Στέφανο (Λινίτσκι) Επίσκοπο Αγίας Πετρούπολης και Στάραγια Ρούσσα.
Το γεγονός αυτό αποτέλεσε σπουδαιότατο σταθμό στη διαμόρφωση της μελλοντικής επισκοπής της Αποστολικής Ορθόδοξης Εκκλησίας.
Στις 7 Ιανουαρίου 2000, με τη συμμετοχή του Αρχιεπισκόπου Στεφάνου, τελέστηκε η επισκοπική χειροτονία του Κυριακού (Τεμερτζίδη).
Στις 7 Μαΐου 2000 χειροτονήθηκε επίσκοπος ο Βιτάλιος (Κουζεβάτοφ), που αργότερα υπήρξε επί σειρά ετών Προκαθήμενος της Αποστολικής Ορθόδοξης Εκκλησίας.
Έτσι η ιστορική γραμμή της επισκοπής της Εκκλησίας συνδέεται με την ιεραρχία της Αυτοκέφαλης Ορθόδοξης Εκκλησίας της Ουκρανίας και, μέσω αυτής, με παλαιότερες ορθόδοξες χειροτονίες.
Η Εκκλησία θεωρεί αυτή τη συνέχεια μαρτυρία της αποστολικής της διαδοχής.
Ωστόσο η ιστορική τεκμηρίωση των επισκοπικών χειροτονιών και η κανονική τους αναγνώριση από άλλες Ορθόδοξες Εκκλησίες είναι διαφορετικά ζητήματα. Η Αποστολική Ορθόδοξη Εκκλησία διατηρεί τη δική της κατανόηση της εκκλησιαστικής της διαδοχής και αυτοτέλειας.