Одной из основных задач независимых православных общин стало сохранение и восстановление епископского служения.
Для православной традиции епископская хиротония имеет особое значение, поскольку именно через рукоположение осуществляется преемственная передача архипастырского служения.
В 1990-е годы представители российского истинно-православного движения установили связи с иерархами Украинской Автокефальной Православной Церкви.
17 декабря 1996 года в Тернополе, по благословению Патриарха Димитрия (Яремы), епископы Мефодий (Кудряков) и Иоанн (Модзалевский) совершили хиротонию архимандрита Стефана (Линицкого) во епископа Санкт-Петербургского и Старорусского.
Это событие стало важнейшей вехой в истории формирования будущего епископата АПЦ.
7 января 2000 года с участием архиепископа Стефана состоялась епископская хиротония Кириака (Темерциди).
7 мая 2000 года епископскую хиротонию принял Виталий (Кужеватов), впоследствии ставший многолетним Предстоятелем Апостольской Православной Церкви.
Таким образом, историческая линия епископата АПЦ связана с иерархией Украинской Автокефальной Православной Церкви и через неё — с более ранними православными рукоположениями.
АПЦ рассматривает эту последовательность как свидетельство своего апостольского преемства.
Вместе с тем историческая документированность епископских хиротоний и их каноническое признание другими православными Церквами представляют собой разные вопросы. Апостольская Православная Церковь сохраняет собственное понимание своей церковной преемственности и самостоятельности.