Eine der Hauptaufgaben der unabhängigen orthodoxen Gemeinden war die Bewahrung und Wiederherstellung des bischöflichen Dienstes.
In der orthodoxen Tradition kommt der Bischofsweihe besondere Bedeutung zu, denn gerade durch die Handauflegung wird der oberhirtliche Dienst in ununterbrochener Folge weitergegeben.
In den 1990er-Jahren knüpften Vertreter der russischen wahren orthodoxen Bewegung Verbindungen zu Hierarchen der Ukrainischen Autokephalen Orthodoxen Kirche.
Am 17. Dezember 1996 weihten in Ternopil mit dem Segen von Patriarch Dmytrij (Jarema) die Bischöfe Methodius (Kudrjakow) und Johannes (Modzalewski) den Archimandriten Stefan (Linizki) zum Bischof von Sankt Petersburg und Staraja Russa.
Dieses Ereignis wurde zu einem entscheidenden Meilenstein auf dem Weg zum künftigen Episkopat der Apostolisch-Orthodoxen Kirche.
Am 7. Januar 2000 fand unter Mitwirkung von Erzbischof Stefan die Bischofsweihe von Kiriak (Temerzidi) statt.
Am 7. Mai 2000 empfing Witali (Kuschewatow) die Bischofsweihe, der später über viele Jahre Primas der Apostolisch-Orthodoxen Kirche war.
So ist die geschichtliche Linie des Episkopats der Kirche mit der Hierarchie der Ukrainischen Autokephalen Orthodoxen Kirche verbunden und durch sie mit früheren orthodoxen Weihen.
Die Apostolisch-Orthodoxe Kirche betrachtet diese Abfolge als Zeugnis ihrer apostolischen Sukzession.
Zugleich sind die geschichtliche Belegbarkeit der Bischofsweihen und ihre kanonische Anerkennung durch andere orthodoxe Kirchen zwei verschiedene Fragen. Die Apostolisch-Orthodoxe Kirche hält an ihrem eigenen Verständnis ihrer kirchlichen Kontinuität und Eigenständigkeit fest.