Seit ihrer Gründung bemühte sich die Apostolisch-Orthodoxe Kirche, orthodoxe Gemeinden zu vereinen, die ihre Grundsätze in Lehre und Organisation teilten.
Im Jahr 2000 wurde der Aufbau des Episkopats fortgesetzt, es entstanden neue Gemeinden, und die Arbeit an kirchlichen Statuten und Leitungsordnungen begann.
Im selben Jahr beschloss die Kirche, Erzpriester Alexander Men als Priestermärtyrer und Glaubenslehrer zu verehren.
Für einen Teil der Gründer der neuen Kirche hatte sein Erbe besondere Bedeutung. Die Predigt von Vater Alexander, seine Aufmerksamkeit für Fragen der heutigen Kultur, für den Dialog mit der Gesellschaft und für die Bildung der Gläubigen wurden zu einem der sittlichen und missionarischen Leitbilder der Bewegung.
2003 kam es in der Geschichte der Kirche zu einschneidenden Veränderungen.
Ein Teil der Bischöfe schloss sich unter Führung von Metropolit Stefan einer anderen wahren orthodoxen Jurisdiktion an.
Die Leitung der Gemeinden der Apostolisch-Orthodoxen Kirche, die ihre Eigenständigkeit bewahrt hatten, ging auf Metropolit Witali (Kuschewatow) über.
Unter seinem Vorsitz wurde der organisatorische Aufbau der kirchlichen Vereinigung fortgesetzt.
Am 30. April 2004 wurde die Apostolisch-Orthodoxe Kirche in Russland als zentralisierte religiöse Organisation unter dem offiziellen Namen „Vereinigung orthodoxer Gemeinden der apostolischen Tradition“ registriert.
Damit erhielt die kirchliche Struktur, die eigenständige orthodoxe Gemeinden verband, eine rechtliche Grundlage.