Desde su fundación, la Iglesia Ortodoxa Apostólica buscó reunir a las comunidades ortodoxas que compartían sus principios doctrinales y organizativos.
En el año 2000 prosiguió la formación del episcopado, surgieron nuevas comunidades y comenzó la redacción de los estatutos de la Iglesia y de sus normas de gobierno.
Ese mismo año, la Iglesia decidió venerar al arcipreste Aleksandr Men como hieromártir e ilustrador de la fe.
Para una parte de los fundadores de la nueva Iglesia, su legado tenía un significado especial. La predicación del padre Aleksandr, su atención a las cuestiones de la cultura contemporánea, al diálogo con la sociedad y a la formación de los fieles se convirtieron en una de las referencias morales y misioneras del movimiento.
En 2003 la historia de la Iglesia conoció cambios importantes.
Una parte de los obispos, encabezada por el metropolita Stefan, se integró en otra jurisdicción eclesiástica ortodoxa verdadera.
El gobierno de las comunidades de la Iglesia Ortodoxa Apostólica que conservaron su independencia pasó al metropolita Vitali (Kuzhevátov).
Bajo su presidencia continuó la configuración organizativa de la unión eclesial.
El 30 de abril de 2004, la Iglesia Ortodoxa Apostólica quedó registrada en Rusia como organización religiosa centralizada, con el nombre oficial de «Asociación de Comunidades Ortodoxas de Tradición Apostólica».
Esto permitió dar forma jurídica a una estructura eclesial que reunía a comunidades ortodoxas independientes.