Después de la Segunda Guerra Mundial, la vida ortodoxa en la Unión Soviética siguió existiendo bajo el control del Estado, aunque la magnitud y las formas de la presión fueron cambiando.
Entre las décadas de 1960 y 1980 apareció una generación de clérigos y laicos que defendían la libertad religiosa, la recuperación de la autonomía de las parroquias y el debate abierto sobre los problemas de la vida eclesial.
Ocupa un lugar especial en esta historia el sacerdote Gleb Pávlovich Yakunin.
En 1965, junto con el sacerdote Nikolái Eshliman, dirigió una carta abierta al patriarca Alejo I, en la que se pronunció contra la violación de los derechos de los creyentes y la injerencia del Estado en los asuntos internos de la Iglesia.
Con el tiempo, el padre Gleb llegó a ser uno de los participantes más conocidos del movimiento soviético de defensa de los derechos humanos.
En 1976 participó en la creación del Comité Cristiano para la Defensa de los Derechos de los Creyentes en la URSS. Su labor consistía en documentar las persecuciones religiosas, defender a personas de distintas confesiones y difundir información sobre las violaciones de la libertad de conciencia.
Por esta actividad, el padre Gleb fue procesado penalmente y condenado a prisión y al destierro.
Tras la disolución de la Unión Soviética, siguió defendiendo la independencia de la vida religiosa y la necesidad de reformar las instituciones de la Iglesia.
Otro representante destacado de la tradición ortodoxa independiente fue el futuro metropolita Stefan (Linitski), vinculado a la Iglesia Ortodoxa Verdadera.
Fue precisamente la unión de esfuerzos de clérigos y responsables eclesiales como ellos la que creó las condiciones para el nacimiento de la Iglesia Ortodoxa Apostólica.