Una de las tareas principales de las comunidades ortodoxas independientes fue conservar y restaurar el ministerio episcopal.
En la tradición ortodoxa, la consagración episcopal tiene una importancia particular, porque es precisamente mediante la ordenación como se transmite en sucesión el ministerio pastoral de los obispos.
En la década de 1990, representantes del movimiento ortodoxo verdadero ruso establecieron contactos con jerarcas de la Iglesia Ortodoxa Autocéfala Ucraniana.
El 17 de diciembre de 1996, en Ternópil, con la bendición del patriarca Dimitri (Yarema), los obispos Metodio (Kudriákov) y Juan (Modzalevski) consagraron al archimandrita Stefan (Linitski) obispo de San Petersburgo y Stáraya Rusa.
Este acontecimiento fue un hito fundamental en la formación del futuro episcopado de la Iglesia Ortodoxa Apostólica.
El 7 de enero de 2000, con la participación del arzobispo Stefan, tuvo lugar la consagración episcopal de Kiriak (Temertsidi).
El 7 de mayo de 2000 recibió la consagración episcopal Vitali (Kuzhevátov), quien más tarde fue durante muchos años Primado de la Iglesia Ortodoxa Apostólica.
Así, la línea histórica del episcopado de la Iglesia está vinculada a la jerarquía de la Iglesia Ortodoxa Autocéfala Ucraniana y, a través de ella, a ordenaciones ortodoxas más antiguas.
La Iglesia Ortodoxa Apostólica considera esta sucesión como testimonio de su continuidad apostólica.
Al mismo tiempo, la documentación histórica de las consagraciones episcopales y su reconocimiento canónico por otras Iglesias ortodoxas son cuestiones distintas. La Iglesia Ortodoxa Apostólica mantiene su propia comprensión de su continuidad eclesial y de su independencia.