L’une des tâches essentielles des communautés orthodoxes indépendantes a été de préserver et de rétablir le ministère épiscopal.
Dans la tradition orthodoxe, la chirotonie épiscopale revêt une importance particulière, car c’est par l’ordination que se transmet, dans la continuité, le ministère d’archipasteur.
Dans les années 1990, des représentants du mouvement orthodoxe véritable de Russie ont noué des liens avec la hiérarchie de l’Église orthodoxe autocéphale ukrainienne.
Le 17 décembre 1996, à Ternopil, avec la bénédiction du patriarche Dimitri (Iarema), les évêques Méthode (Koudriakov) et Jean (Modzalevski) ont conféré à l’archimandrite Stefan (Linitski) la chirotonie épiscopale comme évêque de Saint-Pétersbourg et de Staraïa Roussa.
Cet événement fut un jalon décisif dans la formation du futur épiscopat de l’Église orthodoxe apostolique.
Le 7 janvier 2000, avec la participation de l’archevêque Stefan, eut lieu la chirotonie épiscopale de Kiriak (Temertsidi).
Le 7 mai 2000, Vitali (Koujevatov), qui allait devenir pour de longues années le Primat de l’Église orthodoxe apostolique, reçut à son tour la chirotonie épiscopale.
La lignée historique de l’épiscopat de l’Église se rattache ainsi à la hiérarchie de l’Église orthodoxe autocéphale ukrainienne et, à travers elle, à des ordinations orthodoxes plus anciennes.
L’Église voit dans cette continuité le témoignage de sa succession apostolique.
Cela dit, la documentation historique des chirotonies épiscopales et leur reconnaissance canonique par les autres Églises orthodoxes sont deux questions distinctes. L’Église orthodoxe apostolique conserve sa propre compréhension de sa continuité ecclésiale et de son autonomie.