Dès sa fondation, l’Église orthodoxe apostolique s’est efforcée de réunir les communautés orthodoxes qui partageaient ses principes doctrinaux et organisationnels.
En 2000, l’épiscopat a continué de se constituer, de nouvelles communautés sont apparues et le travail sur les statuts de l’Église et les règles de son gouvernement a commencé.
La même année, l’Église a décidé de vénérer l’archiprêtre Alexandre Men comme hiéromartyr et éducateur de la foi.
Pour une partie des fondateurs de la nouvelle Église, son héritage comptait particulièrement. La prédication du père Alexandre, son attention aux questions de la culture contemporaine, au dialogue avec la société et à la formation des fidèles sont devenues l’un des repères moraux et missionnaires du mouvement.
En 2003, l’histoire de l’Église a connu des changements importants.
Une partie des évêques, avec à leur tête le métropolite Stefan, a rejoint une autre juridiction orthodoxe véritable.
Le gouvernement des communautés de l’Église orthodoxe apostolique restées autonomes est passé au métropolite Vitali (Koujevatov).
Sous sa présidence, l’union ecclésiale a poursuivi sa structuration.
Le 30 avril 2004, l’Église orthodoxe apostolique a été enregistrée en Russie comme organisation religieuse centralisée, sous la dénomination officielle « Association des communautés orthodoxes de tradition apostolique ».
Cet enregistrement a permis de donner un statut juridique à la structure ecclésiale qui réunissait des communautés orthodoxes autonomes.