Від часу заснування АПЦ прагнула об’єднати православні громади, які поділяли її віровчальні й організаційні засади.
2000 року тривало формування єпископату, з’явилися нові громади, розпочалася робота над церковними статутами і правилами управління.
Того ж року АПЦ ухвалила рішення шанувати протоієрея Олександра Меня як священномученика і просвітителя.
Для частини засновників нової Церкви його спадщина мала особливе значення. Проповідь отця Олександра, його увага до питань сучасної культури, діалогу із суспільством і просвіти вірян стали одним із моральних і місіонерських орієнтирів руху.
2003 року в церковній історії АПЦ відбулися суттєві зміни.
Частина архієреїв на чолі з митрополитом Стефаном перейшла до іншої істинно-православної церковної юрисдикції.
Управління громадами Апостольської Православної Церкви, які зберегли самостійність, перейшло до митрополита Віталія (Кужеватова).
Під його головуванням тривало організаційне оформлення церковного об’єднання.
30 квітня 2004 року Апостольську Православну Церкву було зареєстровано в Росії як централізовану релігійну організацію з офіційною назвою «Об’єднання православних громад апостольської традиції».
Це дало змогу оформити правове становище церковної структури, що об’єднувала самостійні православні громади.