У наступні десятиліття АПЦ і далі розвивала церковне життя в Росії та за її межами.
У 2000-х роках до складу Церкви входили громади і єпископи з різних регіонів Східної і Західної Європи, України, Сибіру і Далекого Сходу.
Поступово ширилися контакти з незалежними православними громадами інших країн.
Особливістю АПЦ стала можливість співіснування різних богослужбових практик за збереження спільної віровчальної основи.
Церковні Собори розглядали питання канонічного устрою, організації громад, літургійного життя і церковної просвіти.
6–7 вересня 2008 року в Москві відбувся Собор АПЦ, на якому ухвалили церковні документи і рішення про церковне шанування архієпископа Єрмогена (Голубєва).
Важливою частиною церковної діяльності залишалися захист свободи совісті, пастирська підтримка вірян і збереження незалежності церковного служіння від політичної влади.
25 грудня 2014 року помер протопресвітер Гліб Якунін, один із засновників АПЦ, її духовних натхненників і багаторічний захисник релігійних свобод.
Його громадська і церковна спадщина й далі впливала на діяльність Церкви.
2015 року до Апостольської Православної Церкви приєднався священник Григорій Міхнов-Вайтенко, який раніше служив у Новгородській єпархії Російської Православної Церкви.
У липні того ж року він прийняв єпископську хіротонію і згодом очолив Балтійський напрям церковного служіння.
Поряд із богослужбовою і просвітницькою діяльністю значну роль у житті громад почали відігравати соціальні й гуманітарні ініціативи.
Після початку повномасштабної війни в Україні 2022 року в Санкт-Петербурзі за участі церковної громади було організовано Центр допомоги біженцям, що підтримував людей, які постраждали від бойових дій.