Одним з основних завдань незалежних православних громад стало збереження і відновлення єпископського служіння.
Для православної традиції єпископська хіротонія має особливе значення, адже саме через рукоположення відбувається спадкоємне передання архіпастирського служіння.
У 1990-х роках представники російського істинно-православного руху налагодили зв’язки з ієрархами Української Автокефальної Православної Церкви.
17 грудня 1996 року в Тернополі, з благословення Патріарха Димитрія (Яреми), єпископи Мефодій (Кудряков) та Іоанн (Модзалевський) звершили хіротонію архімандрита Стефана (Лініцького) на єпископа Санкт-Петербурзького і Старорусського.
Ця подія стала найважливішою віхою в історії формування майбутнього єпископату АПЦ.
7 січня 2000 року за участі архієпископа Стефана відбулася єпископська хіротонія Кіріака (Темерціді).
7 травня 2000 року єпископську хіротонію прийняв Віталій (Кужеватов), який згодом багато років був Предстоятелем Апостольської Православної Церкви.
Отже, історична лінія єпископату АПЦ пов’язана з ієрархією УАПЦ, а через неї з давнішими православними рукоположеннями.
АПЦ розглядає цю послідовність як свідчення свого апостольського спадкоємства.
Водночас історична задокументованість єпископських хіротоній та їхнє канонічне визнання іншими православними Церквами є різними питаннями. Апостольська Православна Церква зберігає власне розуміння своєї церковної спадкоємності й самостійності.