На межі XX і XXI століть представники незалежного православного духовенства дійшли переконання, що потрібно створити самостійну церковну організацію, здатну послідовно здійснювати реформи і розвивати соборне життя.
31 січня 2000 року в Москві відбулася пресконференція, на якій оголосили про створення громадського руху «За відродження православ’я».
Серед ініціаторів були протопресвітер Гліб Якунін, митрополит Стефан (Лініцький), архієпископ Кіріак (Темерціді) і майбутній митрополит Віталій (Кужеватов).
Установча Декларація проголосила потребу повернутися до апостольської моделі церковного управління.
Її автори виступили за децентралізацію церковної влади, відновлення соборності, самостійність громад, відмову від обов’язкової прив’язки церковної юрисдикції до державних кордонів і подолання надмірної адміністративної централізації.
Окрему увагу приділяли реформі богослужбового життя.
Пропонувалося ширше використовувати в богослужінні сучасні національні мови, зробити проповідь обов’язковою частиною церковного зібрання, спростити окремі обрядові практики, пом’якшити надто суворі дисциплінарні вимоги і забезпечити прозорість церковних фінансів.
Засновники Церкви наголошували, що оновлення має бути спрямоване не на зміну догматичних основ православної віри, а на повернення церковного життя до євангельських засад.
На основі руху було утворено Православну Церкву Відродження.
13 травня 2000 року вона дістала назву «Апостольська Православна Церква».
Ця назва виражала прагнення її засновників підкреслити спадкоємність із вірою і духовним досвідом апостольської доби, а також відданість соборному устрою.
Першим Предстоятелем Церкви став митрополит Стефан (Лініцький).