A caballo entre los siglos XX y XXI, representantes del clero ortodoxo independiente llegaron a la convicción de que era necesario crear una organización eclesial propia, capaz de llevar a cabo con coherencia las reformas y de desarrollar la vida conciliar.
El 31 de enero de 2000 se celebró en Moscú una rueda de prensa en la que se anunció la creación del movimiento social «Por el Renacimiento de la Ortodoxia».
Entre sus impulsores figuraban el protopresbítero Gleb Yakunin, el metropolita Stefan (Linitski), el arzobispo Kiriak (Temertsidi) y el futuro metropolita Vitali (Kuzhevátov).
La Declaración Fundacional proclamó la necesidad de volver al modelo apostólico de gobierno de la Iglesia.
Sus autores se pronunciaron a favor de descentralizar el poder eclesial, restaurar la conciliaridad, dar autonomía a las comunidades, renunciar a vincular obligatoriamente la jurisdicción eclesiástica a las fronteras de los Estados y superar el exceso de centralización administrativa.
Se prestaba una atención especial a la reforma de la vida litúrgica.
Se proponía ampliar el uso de las lenguas nacionales modernas en el culto, hacer de la predicación una parte obligatoria de la asamblea eclesial, simplificar algunas prácticas rituales, suavizar las exigencias disciplinarias excesivamente rígidas y garantizar la transparencia de las finanzas de la Iglesia.
Los fundadores de la Iglesia subrayaban que la renovación no debía tener por objeto cambiar los fundamentos dogmáticos de la fe ortodoxa, sino devolver la vida de la Iglesia a los principios del Evangelio.
A partir del movimiento se constituyó la Iglesia Ortodoxa del Renacimiento.
El 13 de mayo de 2000 recibió el nombre de «Iglesia Ortodoxa Apostólica».
Con este nombre, sus fundadores quisieron subrayar la continuidad con la fe y la experiencia espiritual de la época apostólica, así como su adhesión a una estructura conciliar.
El primer Primado de la Iglesia fue el metropolita Stefan (Linitski).