На рубеже XX и XXI веков представители независимого православного духовенства пришли к убеждению в необходимости создания самостоятельной церковной организации, способной последовательно осуществлять реформы и развивать соборную жизнь.
31 января 2000 года в Москве состоялась пресс-конференция, на которой было объявлено о создании общественного движения «За возрождение православия».
Среди инициаторов выступили протопресвитер Глеб Якунин, митрополит Стефан (Линицкий), архиепископ Кириак (Темерциди) и будущий митрополит Виталий (Кужеватов).
Учредительная Декларация провозгласила необходимость возвращения к апостольской модели церковного управления.
Её авторы выступили за децентрализацию церковной власти, восстановление соборности, самостоятельность общин, отказ от обязательной привязки церковной юрисдикции к государственным границам и преодоление избыточной административной централизации.
Отдельное внимание уделялось реформе богослужебной жизни.
Предлагалось расширить использование современных национальных языков в богослужении, сделать проповедь обязательной частью церковного собрания, упростить отдельные обрядовые практики, ослабить чрезмерно жёсткие дисциплинарные требования и обеспечить прозрачность церковных финансов.
Основатели Церкви подчёркивали, что обновление должно быть направлено не на изменение догматических основ православной веры, а на возвращение церковной жизни к евангельским принципам.
На основе движения была образована Православная Церковь Возрождения.
13 мая 2000 года она получила название «Апостольская Православная Церковь».
Это название выражало стремление её основателей подчеркнуть преемственность с верой и духовным опытом апостольской эпохи, а также приверженность соборному устройству.
Первым Предстоятелем Церкви стал митрополит Стефан (Линицкий).