В последующие десятилетия АПЦ продолжила развивать церковную жизнь в России и за её пределами.
В 2000-е годы в состав Церкви входили общины и епископы из различных регионов Восточной и Западной Европы, Украины, Сибири и Дальнего Востока.
Постепенно расширялись контакты с независимыми православными общинами других стран.
Особенностью АПЦ стала возможность сосуществования разных богослужебных практик при сохранении общего вероучительного основания.
Церковные Соборы рассматривали вопросы канонического устройства, организации общин, литургической жизни и церковного просвещения.
6–7 сентября 2008 года состоялся Собор АПЦ в Москве, на котором были приняты церковные документы и решение о церковном почитании архиепископа Ермогена (Голубева).
Важной частью церковной деятельности оставались защита свободы совести, пастырская поддержка верующих и сохранение независимости церковного служения от политической власти.
25 декабря 2014 года скончался протопресвитер Глеб Якунин — один из основателей АПЦ, её духовных вдохновителей и многолетний защитник религиозных свобод.
Его общественное и церковное наследие продолжило оказывать влияние на деятельность Церкви.
В 2015 году к Апостольской Православной Церкви присоединился священник Григорий Михнов-Вайтенко, ранее служивший в Новгородской епархии Русской Православной Церкви.
В июле того же года он принял епископскую хиротонию и впоследствии возглавил Балтийское направление церковного служения.
Наряду с богослужебной и просветительской деятельностью значительную роль в жизни общин стали играть социальные и гуманитарные инициативы.
После начала полномасштабной войны в Украине в 2022 году в Санкт-Петербурге при участии церковной общины был организован Центр помощи беженцам, оказывавший поддержку людям, пострадавшим от боевых действий.