Au cours des décennies suivantes, l’Église orthodoxe apostolique a continué de développer la vie ecclésiale en Russie et au-delà de ses frontières.
Dans les années 2000, l’Église comptait des communautés et des évêques venus de diverses régions d’Europe orientale et occidentale, d’Ukraine, de Sibérie et d’Extrême-Orient.
Les contacts avec des communautés orthodoxes indépendantes d’autres pays se sont peu à peu élargis.
L’un des traits propres de l’Église est devenu la possibilité de faire coexister des pratiques liturgiques différentes sur un fondement doctrinal commun.
Les conciles de l’Église examinaient les questions d’organisation canonique, d’organisation des communautés, de vie liturgique et de formation chrétienne.
Les 6 et 7 septembre 2008 s’est tenu à Moscou un Concile de l’Église orthodoxe apostolique, qui a adopté des documents ecclésiaux et décidé de la vénération de l’archevêque Hermogène (Goloubev).
La défense de la liberté de conscience, l’accompagnement pastoral des fidèles et la préservation de l’indépendance du ministère ecclésial face au pouvoir politique sont restés une part importante de l’action de l’Église.
Le 25 décembre 2014 s’est éteint le protopresbytre Gleb Iakounine, l’un des fondateurs de l’Église orthodoxe apostolique, l’un de ses inspirateurs spirituels et, pendant de longues années, un défenseur des libertés religieuses.
Son héritage public et ecclésial a continué d’influencer l’action de l’Église.
En 2015, le prêtre Grigori Mikhnov-Vaïtenko, qui servait auparavant dans le diocèse de Novgorod de l’Église orthodoxe russe, a rejoint l’Église orthodoxe apostolique.
En juillet de la même année, il a reçu la chirotonie épiscopale, puis a pris la tête de la mission balte de l’Église.
À côté de l’activité liturgique et de l’enseignement, les initiatives sociales et humanitaires ont pris une place importante dans la vie des communautés.
Après le début de la guerre à grande échelle en Ukraine en 2022, un Centre d’aide aux réfugiés a été organisé à Saint-Pétersbourg avec la participation de la communauté de l’Église, pour soutenir les personnes touchées par les combats.