Après la Seconde Guerre mondiale, la vie orthodoxe en Union soviétique a continué de s’exercer sous le contrôle de l’État, même si l’ampleur et les formes de la pression ont varié.
Dans les années 1960 à 1980 est apparue une génération de clercs et de laïcs qui défendaient la liberté religieuse, l’autonomie retrouvée des paroisses et un débat ouvert sur les problèmes de la vie de l’Église.
Le prêtre Gleb Pavlovitch Iakounine occupe une place particulière dans cette histoire.
En 1965, avec le prêtre Nikolaï Echliman, il adressa au patriarche Alexis Ier une lettre ouverte dans laquelle il dénonçait les atteintes aux droits des croyants et l’ingérence de l’État dans les affaires intérieures de l’Église.
Le père Gleb devint par la suite l’une des figures connues du mouvement soviétique de défense des droits de l’homme.
En 1976, il participa à la fondation du Comité chrétien de défense des droits des croyants en URSS. Son action consistait à documenter les persécutions religieuses, à défendre des personnes de diverses confessions et à faire connaître les atteintes à la liberté de conscience.
Pour cette action, le père Gleb fut poursuivi en justice, emprisonné et envoyé en relégation.
Après l’effondrement de l’Union soviétique, il continua de défendre l’indépendance de la vie religieuse et la nécessité de réformer les institutions ecclésiales.
Une autre figure marquante de la tradition orthodoxe indépendante fut le futur métropolite Stefan (Linitski), lié à l’Église orthodoxe véritable.
C’est la réunion des efforts de tels clercs et responsables ecclésiastiques qui a préparé la naissance de l’Église orthodoxe apostolique.