Au tournant des XXe et XXIe siècles, des membres du clergé orthodoxe indépendant sont parvenus à la conviction qu’il fallait créer une organisation ecclésiale autonome, capable de mener avec constance des réformes et de développer la vie conciliaire.
Le 31 janvier 2000, une conférence de presse tenue à Moscou annonça la création du mouvement public « Pour la renaissance de l’orthodoxie ».
Parmi ses initiateurs figuraient le protopresbytre Gleb Iakounine, le métropolite Stefan (Linitski), l’archevêque Kiriak (Temertsidi) et le futur métropolite Vitali (Koujevatov).
La Déclaration fondatrice proclamait la nécessité de revenir au modèle apostolique du gouvernement de l’Église.
Ses auteurs se prononçaient pour la décentralisation du pouvoir ecclésial, le rétablissement de la conciliarité, l’autonomie des communautés, l’abandon du rattachement obligé de la juridiction ecclésiale aux frontières des États et le dépassement d’une centralisation administrative excessive.
Une attention particulière était accordée à la réforme de la vie liturgique.
Il était proposé d’étendre l’usage des langues nationales modernes dans la liturgie, de faire de l’homélie une partie obligatoire de l’assemblée, de simplifier certaines pratiques rituelles, d’assouplir des exigences disciplinaires trop rigoureuses et d’assurer la transparence des finances de l’Église.
Les fondateurs de l’Église soulignaient que le renouveau ne devait pas viser à modifier les fondements dogmatiques de la foi orthodoxe, mais à ramener la vie de l’Église aux principes de l’Évangile.
Le mouvement donna naissance à l’Église orthodoxe de la Renaissance.
Le 13 mai 2000, elle prit le nom d’« Église orthodoxe apostolique ».
Ce nom traduisait la volonté de ses fondateurs de souligner la continuité avec la foi et l’expérience spirituelle de l’âge apostolique, ainsi que leur attachement à une organisation conciliaire.
Le premier Primat de l’Église fut le métropolite Stefan (Linitski).