С момента основания АПЦ стремилась объединить православные общины, разделявшие её вероучительные и организационные принципы.
В 2000 году продолжилось формирование епископата, появились новые общины, была начата работа над церковными уставами и правилами управления.
В том же году АПЦ приняла решение о почитании протоиерея Александра Меня как священномученика и просветителя.
Для части основателей новой Церкви его наследие имело особое значение. Проповедь отца Александра, его внимание к вопросам современной культуры, диалогу с обществом и просвещению верующих стали одним из нравственных и миссионерских ориентиров движения.
В 2003 году в церковной истории АПЦ произошли существенные изменения.
Часть архиереев во главе с митрополитом Стефаном вошла в другую истинно-православную церковную юрисдикцию.
Управление сохранившими самостоятельность общинами Апостольской Православной Церкви перешло к митрополиту Виталию (Кужеватову).
Под его председательством продолжилось организационное оформление церковного объединения.
30 апреля 2004 года Апостольская Православная Церковь была зарегистрирована в России в качестве централизованной религиозной организации под официальным наименованием «Объединение православных общин апостольской традиции».
Это позволило оформить правовое положение церковной структуры, объединявшей самостоятельные православные общины.