Tras la instauración del poder soviético, las comunidades ortodoxas sufrieron persecuciones masivas, el cierre de templos y monasterios, la confiscación de los bienes de la Iglesia y el arresto y la ejecución de clérigos y fieles.
En estas nuevas condiciones surgieron dentro del mundo ortodoxo distintas maneras de entender la relación con el Estado.
Algunos responsables eclesiásticos intentaron conservar la posibilidad del culto público mediante acuerdos con las autoridades. Otros consideraban inadmisible que el aparato del Estado interviniera en las cuestiones de la fe y del gobierno de la Iglesia.
Adquirieron especial importancia los acontecimientos de 1927, cuando el metropolita Sergio (Stragorodski), que gobernaba el Patriarcado de Moscú, publicó una declaración de lealtad al poder soviético.
El documento provocó serias discrepancias en el ámbito eclesial.
Una parte del clero y de los laicos se negó a reconocer la línea de relaciones con el Estado escogida por la dirección del Patriarcado de Moscú. Algunas comunidades dejaron de celebrar el culto público y continuaron su vida religiosa en la clandestinidad.
Estos grupos pasaron a la historia con el nombre colectivo de Iglesia Ortodoxa Verdadera, o Iglesia de las Catacumbas.
El movimiento de las catacumbas no fue una organización única y centralizada. Reunía a comunidades, tradiciones espirituales y grupos de fieles diversos, que buscaban conservar su independencia religiosa bajo la presión del Estado.
Precisamente con esta experiencia de resistencia a la sumisión de la Iglesia al poder político vincula la Iglesia Ortodoxa Apostólica una de las líneas más importantes de su herencia espiritual.
Para los futuros fundadores de la Iglesia Ortodoxa Apostólica, la memoria de las persecuciones y de las comunidades ortodoxas independientes se convirtió en el fundamento de la convicción de que la vida de la Iglesia debe edificarse sobre la fe, la conciliaridad y la libre elección de la persona, y no sobre un sistema estatal de coacción.